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Globalisierungsdrang

Publikationsanalyse 2008-2012: Proteinforschung
von Ralf Neumann, Laborjournal 06/2014




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Je mehr Proteine auf einmal jemand „macht“, desto größer sind im Schnitt die Chancen auf viele Zitate. Nur einige wenige Spezialisten können bei diesem Trend zum „Alle auf einmal“ noch halbwegs mithalten.

Über vierzig Jahre seines Cambridger Forscherlebens widmete der Österreicher Max Perutz einzig und allein dem Hämoglobin. Sicher, er entwickelte dabei Techniken, die für die generelle Analyse von Proteinstrukturen unerlässlich wurden – insbesondere bahnte er mit John Kendrew endgültig den Weg für die Röntgenkristallographie von Proteinen. Aber eine ganze Forscherkarriere mit einem einzigen kleinen Protein? Und sogar eine, für die 1962 ein Nobelpreis heraussprang. Wäre so etwas heutzutage noch möglich?


Cytochrom C-Strukturmodell

Die Wucht der Methoden

Möglich sicherlich. Aber auch erfolgreich – zumindest, was Zitierhäufigkeiten angeht? Schließlich haben sich Labormethoden und Computerpower zuletzt mit einer derartigen Wucht weiterentwickelt, dass heute bereits viele herablassend die Nase rümpfen, wenn sie jemand von „seinem“ einen Protein erzählen hören. Ganz nach dem Motto „Warum eines, wenn ich viele haben kann?“.

Proteomiker und Strukturensammler

Und tatsächlich häufen sich seitdem die Veröffentlichungen, die komplette Proteome ganzer Zellen, Gewebe oder Organe vorstellen. Andere gehen noch einen Schritt weiter und liefern die Interaktionskarten der gesamten Proteinnetzwerke dazu. Oder vergleichen neuerdings via bioinformatischem Par Force-Ritt solche Interaktionskarten gleich „global“ über Hunderte von Organismen (siehe etwa die Nummer 3 der „meistzitierten Artikel“ auf Seite 40). Dies alles ganz abgesehen davon, dass inzwischen auch die Ermittlung von dynamischen 3D-Proteinstrukturen kein jahrelanges Hexenwerk mehr darstellt. Zahlreiche „Proteinstruktur-Fabriken“ bezeugen diese Entwicklung.

Halten wir unter diesem Gesichtspunkt also die Augen offen, ob sich vielleicht doch so mancher „Einzelproteinler“ in die Top 50 der meistzitierten Proteinforscher schieben konnte. Quasi mitten hinein in die starke Phalanx der Komplett-Proteomiker/-Interaktomiker, Multi-Strukturensammler und Protein-Computerbiologen, die sicherlich von vornherein auf eine deutlich breitere „Zitiergemeinde“ hoffen kann.

Vorweg aber noch: Wer ist eigentlich Proteinforscher – und wer nicht wirklich? Schließlich gibt es außer den organismischen Biologen wohl kaum einen Biomediziner, der sich in seinen Projekten nicht auch mit dem ein oder anderen Protein auseinander setzten muss.

Einfach ausgedrückt, sollten die betreffenden Forscher Proteine klar im Zentrum ihrer Fragestellung haben. Das heißt konkret, wer Proteinfunktionen anhand ihrer Strukturen, Dynamiken und Interaktionen untersucht, weiterhin etwa deren Synthese, Abbau, Modifikationen, oder auch deren Taxonomie und Evolution studiert – der gehört auf jeden Fall dazu bei einem Publikationsvergleich „Proteinforschung“.

Protein(-beteiligungs-)forscher

Umgekehrt werden es diejenigen schwer haben, die zwar bis zu einem gewissen Grad die Beteiligung gewisser Proteine an einem definierten Phänomen mitstudieren – deren primäres Interesse aber vielmehr dem entsprechenden Zellprozess an sich gilt. Zum Beispiel wird man jemanden, der axonale Wegfindung studiert und dabei auch das ein oder andere Steuerprotein identifiziert, am Ende doch eher als Neuronalen Entwicklungsbiologen klassifizieren statt als Proteinforscher.

Groß, breit, parallel

Die zehn bis heute meistzitierten „Protein-Paper“ aus den Jahren 2008 bis 2012 bestätigen denn auch gleich, was wir in den einleitenden Absätzen vermuteten. Die sieben Artikel auf den Plätzen 1 bis 6 sowie 8 beschreiben allesamt Proteom-Studien oder bioinformatische Werkzeuge und Datenbanken zur parallelen Analyse oder Organisation großer Proteinmengen. So präsentiert das meistzitierte Paper etwa ein Software-Tool zur Auswertung von massenspektrometrischen Proteomik-Rohdaten, während die Nummer 2 über die „globale“ Identifizierung von 3.600 Lysin-Acetylierungsorten in insgesamt 1.750 Proteinen berichtet. Beide Artikel zeichnete im übrigen Matthias Mann, Direktor am Martinsrieder MPI für Biochemie, als Erstautor. Kein wirkliches Wunder daher, dass er auch insgesamt mit über 11.800 Zitierungen seiner Veröffentlichungen der Jahre 2008 bis 2012 die Liste der meistzitierten Proteinforscher anführt.

Starke Opsine

Bleiben noch die drei Artikel, die sich tatsächlich mit einem einzelnen Protein beziehungsweise Proteinkomplex begnügen – und trotzdem jeweils um die 500mal zitiert wurden. In zweien davon beschreibt die Gruppe um den Berliner Biophysiker Klaus-Peter Hofmann die strukturellen Interaktionen von Opsin mit seinem assoziierten G-Protein (Platz 7 und 9); die Nummer 10 präsentiert und diskutiert die 3D-Struktur des Photosystems II aus Cyanobacterium, welches die Berliner Gruppe um Wolfram Saenger (53.) besonders hoch aufgelöst darstellen konnte.

Bei den „meistzitierten Köpfen“ setzt sich diese Gewichtung prinzipell fort. Hinter dem Massenspektrometrie-Proteomiker Mathias Mann reihen sich auf den nächsten acht Plätzen zunächst einmal weitere „Global-Proteinforscher“ ein. Der Computerbiologe Peer Bork, Zweitplatzierter vom Heidelberger EMBL, beispielsweise geht mit seinem Team dabei oft den indirekten Weg: mit ihren Algorithmen durchforsten sie vor allem die Sequenzdschungel großer Mengen von Nukleinsäuredaten, um daraus wiederum Proteinsequenzen samt deren Funktionen, Interaktionen und Evolution zu berechnen. Ruedi Aebersold, Drittplatzierter und Leiter der gemeinsamen „Molekularen Systembiologie“ von ETH und Universität Zürich, dagegen gilt als einer der Pioniere der Proteomik – insbesondere, da er Methoden entwickelte, die großflächige quantitative Analysen von massenspektrometrischen Proteomdaten überhaupt erst ermöglichten.

Mitarbeiter mit hineingezogen

Da insbesondere diese Drei mit ihren Publikationen der Jahre 2008 bis 2010 deutlich mehr Zitierungen sammelten als der große Rest der Proteinforscher, zogen sie auch entsprechend noch 16 (Ex-)Mitarbeiter und Kooperationspartner mit in die Top 50-Liste. Dies betrifft insbesondere die Herren Cox bis Walther auf den direkt folgenden Plätzen 4 bis 9.

Auf Platz 10 rangiert mit Petra Schwille, ebenfalls vom Martinsrieder MPI für Biochemie, nicht nur die bestplatzierte Frau des Publikationsvergleichs, sondern von oben gesehen auch die erste, die bislang nicht mit Mann, Bork oder Aebersold publiziert hat. Mit der von ihr entwickelten Zweiphotonen-Kreuzkorrelations-Spektroskopie „beobachtet“ sie momentan vor allem die Wechselwirkungen von Membranproteinen mit Lipidstrukturen.

Hinter Dmitri Svergun auf Platz 11, der an der EMBL-Außenstation am DESY Hamburg vor allem die Methodik zur Erstellung dynamischer Proteinstrukturmodelle zu verbessern versucht, kommt mit dem Frankfurter Ivan Dikic der Erste mit etwas weniger „globalisiertem“ Themengebiet: Die Rolle von Ubiquitin bei Proteinabbau und zellulären Signalwegen.

Einsame Polymerasen

Tatsächlich haben nur wenige solche “Nicht-Generalisten“ Eingang in die Liste der Top-Zitierten gefunden. Vielleicht kann man noch den Kieler Paul Saftig (16.) dazu zählen, der sich vor allem auf die lysosomalen Proteine konzentriert. Oder Ulrich Hartl (42.), Martinsrieder MPI-Direktor sowie Spezialist für Chaperone samt ihren Proteinfaltungs-Aktivitäten.

Perutz am nächsten kommt aus der Liste jedoch sicherlich Patrick Cramer (22.), seit diesem Jahr Direktor am Göttinger MPI für biophysikalische Chemie. Strukturbiologisch beschäftigt er sich fast ausschließlich mit RNA-Polymerase II und ihren nächsten Verwandten. Dies inzwischen seit über 15 Jahren. Ob am Ende ebenfalls über 40 daraus werden?


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Letzte Änderungen: 11.06.2014


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