Tipp 77:
"Wie man das Ding mit Gewalt in das Dingens bekommt" - Neues zum Klonieren
Die obige Überschrift kennen Sie doch? Richtig, in Laborjournal 10/2003 beschrieb unser Methodenautor Cornel Mülhardt in der "Neulich an der Bench"-Folge 41, wie man sich de novo Restriktionsschnittstellen herstellt, ohne das kodierende Potenzial der Sequenz zu verändern (Online finden Sie Mülhardts Artikel unter www.laborjournal.de/rubric/methoden/methoden/v41.html):
[...] Das klassische Programm, das einem für eine gegebene AS- oder DNA-Sequenz alle prinzipiell unterbringbaren Restriktionsschnittstellen nennt, heißt SILMUT und findet sich als (uralte) Freeware in einer DOS- und in einer Mac-Version im Internet. Ich vermute allerdings, dass diese Funktion mittlerweile auch in andere Programme übernommen wurde; wer von einem solchen Freeware-Produkt weiß, möge sich bitte bei mir melden, damit ich dies im nächsten Teil nachtragen kann."
Dazu schrieb uns ein Laborjournal-Leser:
"Lieber Herr Mülhardt, natürlich liegen Sie mit dieser Vermutung richtig. Bin heute bei entsprechender Recherche auf das Tool "GENtle" von Magnus Manske gestossen. Auf den ersten Blick (siehe Abb. rechts oben) macht dieses vielseitige Open Source-Tool einen ordentlichen Eindruck und ich werde es bei Gelegenheit gerne testen. Auf alle Fälle beinhaltet es auch einen Dialog "Stille Mutation".
Informationen zu GENtle findet man unter den beiden folgenden Internet-Adressen:
http://gentle.magnusmanske.de/GENtle%20Manual.pdf
http://en.wikibooks.org/wiki/GENtle:About
Der Download des Programmes selbst ist unter der folgenden Webadresse verfügbar:
http://gentle.magnusmanske.de/
Mit GENtle zu arbeiten erfordert allerdings, wie üblich bei "neuer" Software, zunächst ein wenig Einarbeitung, um mit dem Tool vertraut zu werden. Wer es schneller mag, kann auf das Online-Tool "WatCut" der Universität Waterloo (Ontario/Kanada) zurückgreifen. Dieses habe ich getestet und im Nullkommanix meine Primer mit stummen Mutationen versehen.
Infos zu dieser Alternative (Abb. unten) finden Sie unter:
http://watcut.uwaterloo.ca/watcut/WatCut/template.php?act=silent_new
So, ich hoffe, damit (m)einen bescheidenen Beitrag zum Wohle der Forschergemeinde geleistet zu haben und wünsche Ihnen für alle weiteren Artikel und Bücher (vielen Dank für beides! Eine echte Bereicherung!) ein weiterhin glückliches Händchen!
Letzte Änderungen: 14.01.2021
