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Methoden & mehr: Proteinbiochemie

Blot Elektrophorese Extraktion Geld sparen Isolieren

Molekularbiologie Problemlösungen Proteinanalytik Signale Strukturanalyse

Blot

Fluoreszierende Normalisierung

Methode: Meist bestimmt man die Gesamtproteinmenge von Immunblots mit einer Ponceau-S-Färbung. Auch die Fluoreszenz des Farbstoffs lässt sich nutzen.

Membran-Recycling mit Säure

Methode: Statt Antikörper auf Western Blots mit brachialer Gewalt zu entfernen, ist es sanfter, die für die Detektion verwendete Peroxidase zu inaktivieren.

Editorial

Q2 EVOLVE epromo von INTEGRA

Gewinnen Sie ein limitiertes, individuell bedrucktes EVOLVE-Starterpaket mit manuellen Pipetten von INTEGRA mehr

Western Blot mit
Southern Blot

Methode: Mit einem simplen Kontakt-Blotting-Verfahren kann man Proteine nach einer nativen Agarose-Gel-Elektrophorese auf eine Membran übertragen.

Western Blot mit PIA-PINK-Sekundärantikörpern

Trick: Mit Sekundärantikörpern die mit Goldnanopartikeln konjugiert sind, kann man auf die meisten Waschschritte bei Western Blots verzichten und

Ratgeber für Western Blots

Methode: Western Blots liefern wichtige Informationen zu Proteinen. Um aussagefähige Daten zu erhalten, sollte man aber einige Dinge beachten.

Editorial

Welche Pipettiertechnik passt am besten zur Anwendung?

Luftpolsterpipette oder Mehrfachdispenser – mit den Systemen von BRAND treffen Sie die richtige Wahl. mehr

Milch macht Streptavidin müde

Methode: Fast kein Western Blot kommt ohne Milch oder BSA aus. Setzt man die beiden in der richtigen Reihenfolge ein, beeindruckt das Ergebnis nicht nur Journal-Editoren.

Schneidschablone für Semi-Dry Blot-Papiere

Trick: Eine Plexiglas-Ablage wird zur Schneidschablone für Western Blot-Filterpapiere.

Die Brause-Färbung

Methode: Der schottische Softdrink Irn Bru vertreibt nicht nur den Kater nach einer ausgiebigen Whiskey-Verkostung. Er ist auch für die Färbung von Western-Blots geeignet.

Geräte für Western Blots

Produktübersicht: In den letzten Jahren wurden neue Western Blot-Verfahren entwickelt, wie zum Beispiel Kapillarelektrophorese-basierte Blots sowie

Western Blots vor intensivem Halogenlicht schützen

Trick: Schützen Sie Ihre Western Blots vor Licht aus Halogenlampen. Halogenlicht inaktiviert Antikörper. Resultat sind blanke Membranen.

AptaBodies

Methode: Western Blots mit kurzen DNA-Fragmenten, die hundertmal günstiger sind als Antikörper.

Western Blot-Transfersysteme

Produktübersicht: Wie Southern- und Northern Blot kann man auch den Western Blot ganz ohne Strom und elektrisches Feld durchführen. Legt man einen Filterpapierstapel

Kürzere Transferdauer beim Semi-Dry-Blotten

Methode: Mit dem „Fast Semi-Dry WesternBlot“ lässt sich die Blotdauer bei Western Blots auf 12 min verkürzen. Wir zeigen, wie Sie damit auch noch Geld sparen.

Stripping-Puffer für Western-Blots

Trick: Wenn Antikörper nach dem Western-Blot das Protein nicht mehr rausrücken, hilft Ihnen vielleicht dieser Stripping-Puffer

Western Blot trocknen

Trick: Banden auf einem Western-Blot kommen besser heraus, wenn man die Membran trocknet. Pusten, oder fönen, dann schnell fotografieren.

"Unblot" im Selbstversuch

Trick: Nicht geklappt hat dieser Unblot-Versuch, obwohl er sich genau an das Rezept hielt.

Nachweisgrenzen von Western-Blots

Trick: Wieviel Gesamtprotein muss man auf ein SDS-Gel auftragen um im Western-Blot eine sichtbare Bande zu erhalten?

Strippen und Rehybridisieren von Western Blots

Trick: Wer nicht für jeden Antikörper neu blotten will, der strippt“ seine Western Blots. Hier eine einfache Methode.

Unblot – so geht’s

Trick: Damit die Unblot-Methode funktioniert sollte kein SDS im Gel, die Glasplatten silanisiert sein und die Antikörperkonzentration hoch.

Western-Blot – Blocken mit Slim Fast

Trick: Beim Westernblot kann man mit Slim Fast überflüssige Banden blocken, das enthält jede Menge Sojaprotein und riecht auch noch schokoladig.

Weniger ist mehr

Methode: Die meisten Protokolle für die Western Blot-Färbung mit Ponceau S schreiben eine 0,1-prozentige Lösung vor. Das ist hundert mal so viel als tatsächlich nötig.

Elektrophorese

ROTI®Blue quick

Produkt: Reagenz zur ultra-schnellen und spezifischen Färbung von Proteinen in Polyacrylamidgelen

In-Gel-Detektion von Proteinen

Trick: Das Enzym Connectase aus dem Archaeon Methanosarcina mazei ermöglicht die Detektion fluoreszierender Proteine direkt in Polyacryamid-Gelen

Gele ohne Trockenrisse

Trick: Polacrylamid-Gele werden nach der Elektrophorese der Proteine meist in einer Lösung getrocknet die Glycerin und Ethanol enthält. Die hierbei häufig entstehenden Trockenrisse

Laufpuffer für Groß und Klein

Trick: Ein modifizierter Laufpuffer mit 100 mM Tris, 100 mM Tricin sowie 100 mM HEPES trennt Proteine mit Molekulargewichten von 15 bis 460 Kilodalton

Löcher gegen Trockenrisse

Methode: Mit einer löchrigen Plexiglas-Platte und der Nadel einer Spritze verhindert man Risse beim Trocknen von PAGE-Gelen.

Grüne Gel-Elektrophorese

Methode: Wenn die Kaffeemaschine verkalkt ist, hilft meist ein bisschen Zitronen- oder Essigsäure. Das Säuren-Duo funktioniert aber auch als Fixierlösung für 2D-Gele.

Gel-Gießstand aus Plastikbox

Trick: Mithilfe einer Plastikbox für Wattestäbchen kann man einen sehr effektiven Gel-Gießstand herstellen, mit man bis zu 15 PAGE-Gele parallel gießen kann.

Universelle Porengröße statt Stufengel

Trick: Gemeinsames Trennen hoch- und niedermolekularer Proteine im 7,5%igem Trenngel mit 20 minütigem Elektrophorese-Vorlauf.

Trennung von Iso-Proteinen

Methode: Ein cleverer Trick beschleunigt die Trennung von Isoproteinen mittels 2D-Gelelektrophorese und Westernblot – und verbessert die Qualität

Proteinfärbung mit Direkt Rot oder Amido Schwarz

Trick: Färbung der Banden im SDS-PAGE-Gel mit Direkt Rot oder Amido Schwarz ist schneller, als mit Coomassie. In 10 Minuten fertig.

Kolloidale Coomassie-Färbung

Trick: Die Kolloidale Coomassie-Färbung ist ähnlich sensitiv wie eine Silberfärbung. Ohne Methanol. Nachweisgrenze bei 1-2 Nanogramm Protein/Bande.

Coomassie ohne Alkohol und Essig

Trick: Proteinbanden mit Coomassie, aber ohne Methanol, Ethanol und Essigsäure färben und entfärben. Eine gesundheitlich unbedenkliche Methode.

Laemmli-Rezeptur

Trick: Hier ist es, nebst einer kleinen Fachdiskussion über den Zugang zu alten Originalveröffentlichungen: das original Laemmli-Rezept

Wie ging sie nochmal, die Lämmli-Rezeptur?

Trick: Hier fragte ein Leser nach der original Laemmli-Rezeptur. In Artikel 104 wurde dem Leser dann geholfen.

Nachtrag zur Proteinbestimmung

Methode: Epicoccum nigrum produziert eine Substanz, mit der sich SDS-Gele und Blots färben lassen.

Alternativen zur Silberfärbung

Methode: Einige Alternativen zur klassischen Silberfärbung von Gelen werden vorgestellt, die sogar Massenspektrometrie- und Edman-Sequenzierungs-verträglich sind.

Billiger & handlicher: Wägeschale fürs Mixen

Trick: Mischen von Proben mit Ladepuffer: Billiger ist als Parafilm, handlicher als eine Multi-Platte und dabei auch noch wiederverwendbar - die Wägeschale

Luftblasen in Acrylamid-Gelen eliminieren

Trick: 100%iger Alkohol eliminiert Luftbläschen aus Polyamid-Gelen, Nach dem Polymerisieren kann man den Alkohol einfach abgießen

Coomassie-Entfärbung in der Mikrowelle

Trick: Das Gel wird in der Coomassie-Lösing in der Mikrowelle erhitzt. Anschließend wird es ebenfalls in dier Mikrowelle entfärbt. Zeitersparnis.

Luftgetrockneten PA-Gele

Trick: Luftgetrocknete Polyacrylamidgele können Sie wieder rehydrieren und so weiterbehandeln als wären sie neu. Viele Tipps zu getrockneten Gelen.

Probenaufbereitung für die IEF

Methode: Eine hartnäckige IEF-Legende wird widerlegt: Die Denaturierung der Proben mit 8M Harnstoff führt nicht zu Deamidierung oder Carbamylierung.

Methodenoptimierung

Methode: Raffinierte Kniffe, mit denen die 2D-Elektrophorese noch mehr Kleckse liefert – auch von seltenen Proteinen und bei ungünstigen Bedingungen.

PAGE-Gelschaufel

Trick: Ein gelöchertes Stück Plexiglas mit Stiel hält die Polyacrylamid-Gele in der Färbe/Entfärbewanne fest und verhindert so das zerfleddern der Gele.

Isoelektrische Fokussierung - Weg mit dem Öl

Trick: Mineralöl auf den Gelstreifen schützt vor Austrocknen Auskristallisieren von Harnstoff, stört aber die Beladung der Polypeptide mit Dodecylsulfat.

Isoelektrische Fokussierung, Teil 2

Methode: IEF mit immobilisierten Ampholyten sind ein Wendepunkt" in der Proteom-Analyse

Isoelektrische Fokussierung, Teil 1

Methode: die Perfektionierung der isoelektrischen Fokussierung (IEF) in klassischen Freiflußelektrophorese-Geräten

Entfärben von Coomassie mit Schaumstoff

Trick: Ein Stück Weichschaumstoff in der Entfärbewanne beschleunigt die Befreiung des Gels vom Coomassie-Farbstoff

Entfärben von Coomassie mit Papierhandtuch

Trick: Ein gefaltetes Papierhandtuch in der Entfärbewanne beschleunigt die Befreiung des Gels vom Coomassie-Farbstoff

Coomassie-Färbung ohne Methanol

Trick: Proteinbanden mit Coomassie, aber ohne Methanol. Färben mit Isopropanol und Essigsäure. Zum Entfärben nur 10% Essigsäure.

Proteingel-Entfärbung per Blot

Trick: Wird ein Coomassie-gefärbtes, SDS-Gel geblottet, wird der ungebundene Farbstoff eluiert, gefärbte Proteine bleiben im Gel.

Trocknen von Polyacrylamid-Gelen

Trick: Lufttrocknen Sie Ihr Acrylamid-Gel zwischen Zellophanfopien. Sparen Sie sich Vakuum-Pumpe, Kühlfalle und Trocken-Apparatur.

SDS-Anodenpuffer ohne Glycin

Trick: Für die zweite Dimension der 2D-Gelelektrophorese kann man beim Anodenpuffer das Glycin weglassen – ohne Qualitätsverluste.

Notched Inner Plates

Trick: Sie können den Durchsatz bei der 2D-Gelelektrophorese mit Notched Inner Plates verdoppeln. Das können Sie auch selber bauen.

Proteine (ent-)färben

Trick: Entfärbt man ein Coomassie-Gel mittels Westernblot, besteht die Gefahr dass dabei Banden verschwinden. Hier die Methodik des Blottens.

Betrieb von 2D-Gelen bei konstanten Temperaturen

Trick: Durch Schläuche fließt Wasser in mehreren Wendeln durch einen eisgefüllten Styroporblock. Kühlflüssigkeit für die 2D-Gelelektrophorese.

Neues Solubilisierungsmittel

Methode: Bei der Auftrennung integraler Membranproteine in 2D-Gelen gehen mit dem Solubilisierungsmittel OBAS wesentlich mehr Proteine in Lösung.

Gelkamm mit Silikonpaste

Trick: Gel-Taschen reißen nicht so schnell, wenn Sie den Gel-Kamm nach dem Putzen mit Silikonpaste einreiben. Dann gleitet er leicht aus dem Gel.

Coomassie-Entfärbung in 15 min

Trick: Das Gel wird in der Coomassie-Lösing in der Mikrowelle erhitzt. Anschließend wird es ebenfalls in dier Mikrowelle entfärbt. Zeitersparnis.

Extraktion

Ruckzuck extrahierte Proteine

Methode: Ein simples Einschritt-Protokoll liefert saubere Proteine für die Analyse des Proteoms mit Massenspektrometrie und 2D-Gelelektrophorese.

Proteinreinigungs-Kits

Produktübersicht: Proteine werden häufig mit Affinitäts-Säulen gereinigt, die mit Nickel-Harzen gefüllt sind. Das Prinzip funktioniert aber auch in Plastikbeuteln die wie Teebeutel

Affinitätsreinigungs-Kits

Produktübersicht: Die meisten Labore verwenden für die Affinitätsreinigung von Proteinen das Ni2+-His-Tag-System. Neue Affinitäts-Systeme wie zum Beispiel

Proteinreinigungs-Kits

Produktübersicht: Für die schnelle Extraktion von Proteinen aus Zelllysaten bieten Hersteller verschiedene Kits an. Die meisten nutzen Detergenzien für die Proteinextraktion.

GTPC-Methode: Verbesserte Protein-Extraktion

Trick: Die Löslichkeit des Protein-Pellets bei der GTPC-Methode wird durch den Einsatz eines Methanol-Chloroform-Wasser-Gemisches stark verbessert.

Filter Aided Sample Preparation

Trick: Bei der FASP filtriert man Proteine. Auf der Ultrafiltrationsmembran werden sie dann zu Peptiden verdaut, die die Membran passieren können.

Geld sparen

Ersatzteile gießen, z.B. Spacer

Trick: Einfach Plastikteile, wie Spacer nachzukaufen ist teuer. Hier gibt’s einen ebenso einfachen, wie bewährten Trick sich die kleinen Teile selber zu gießen

Gel-Riegel und Mini-Blots

Trick: Geld und Materialsparen durch Portionierung und Teilung von großen Gelen und die Verwendung von Minigelen. Sparsamkeit im Labor.

Isolieren

ROTI®Dex Gelfiltrationsmedien und Fertigsäulen

Produkt: Für die Entsalzung und den Pufferaustausch von Protein- und Nukleinsäurelösungen

Manipulierter isoelektrischer Punkt

Methode: Die Proteinreinigung mit der AEX-Chromatografie klappt besonders gut, wenn der pI des Proteins höher ist als sieben. Was liegt also näher, als ihn etwas zu frisieren?

Vier auf einen Streich

Methode: Flüssigchromatografie-Systeme haben meist nur eine Säule. Ein neues Open-Source-System reinigt Proteine auf vier parallel arbeitenden Säulen.

Proteinreinigung
mit dem Revolver

Methode: Bei einem neuen Reinigungssystem trägt man nur das Zelllysat auf eine Säule auf und nimmt das saubere Protein danach aus dem Fraktionen-Sammler.

Neue Putzmittel für Membranproteine

Trick: Neue Oligoglycerol-Detergenzien erleichtern die Isolation von Membranproteinen, wie zum Beispiel G-Protein-gekoppelte Rezeptoren.

Groß und Klein getrennt im Stufen-Gel

Trick: Proteine unterschiedlicher Größe können im Stufengel sauber getrennt werde. Das ist einfacher und billiger als ein Gradientengel.

Top-Down-Proteomics

Methode: Die verbesserte Auftrennung minimiert Proteinverluste und erhält die Struktur der Proteine.

Tandem-Affinitätsreinigung mit Fractogel

Trick: Bei der TAP kann Fractogel EMD eine Alternative zu Sepharose-IgG-Beads sein. Es ist billiger und funktioniert bei manchen Proteinen besser.

Isolierung von Membranproteinen

Methode: Neue Methoden zur Trennung von Membranproteinen von löslichen Proteinen.

Isolierung von Plasmamembranen

Methode: Zur Isolierung von Plasmamembranen stellen Sie ein Zweiphasensystem aus Dextran und PEG her.

Proteinextraktion aus dem PA-Gel

Trick: Mit Ausschneiden, Dialyse und Elektroelution lassen sich Proteine aus PAGE-Banden extrahieren und anschließend weiterverwenden.

Molekularbiologie

Gezielter Proteinabbau mit molekularen Klebern

Methode: Molekulare Kleber binden an die E3-Ligase. Durch die Bindung wird Oberfläche der E3-Ligase so verändert, dass sie auch neue Substrate (Neo-Substrate) erkennt. Den Mechanismus machen

Reißfeste Seidenfaser durch Muschelkleber

Methode: Fusioniert man rekombinante Seidenproteine mit dem Mussel foot protein 5, erhöht sich die Ausbeute im Bioreaktor und man erhält stabilere Fasern.

Aptamere und Affimere

Methode: Aptamere sind kurze einsträngige DNA- oder RNA- Oligonukleotide die ihre Zielmoleküle ähnlich spezifisch binden wie Antikörper. Sie sind aber deutlich

Importierte Fluoreszenz

Methode: Statt mit radioaktiv markierten Proteinen lässt sich der Proteinimport in Mitochondrien auch mit einem neuen Fluoreszenz-Verfahren analysieren.

Störenfried bei der Wurzel gepackt

Methode: Statt lineare DNA in zellfreien Systemen aufwendig gegen Exonukleasen zu schützen, kann man die Enzyme auch einfach aus dem Wirtsgenom herausschmeißen.

Flow-basierte Proteinsynthese

Methode: Mit üblichen Petidsynthesizern kann man Peptide mit etwa 50 Aminosäuren Länge herstellen. Ein neues Flow-basiertes Peptidsynthese-System

Schwergewichtige Aminosäuren vs Virus

Methode: Eigentlich wollte Christian Münchs Gruppe eine Proteomik-Technik verbessern, nun könnte die neue mePROD-Methode sogar SARS-2-Wirkstoffe ausfindig machen.

Antikörper mit Lichtschalter

Methode: Mit optogenetisch gesteuerten Intrabodies lassen sich Proteine in der Zelle präzise an einen gewünschten Ort verschieben.

Genetische Präzision statt chemischer Keule

Methode: Chemische Proteinsynthese-Inhibitoren sind alles andere als spezifisch. Viel genauer und reversibel arbeitet ein genetisch codierter Inhibitor.

Kleiner Alleskönner

Methode: Ein universeller Epitop-tag, der für sämtliche Anwendungen gleich gut geeignet ist, wäre ein echter Knüller. Und es gibt ihn tatsächlich.

Proteinabbau mit Trim-Away

Methode: Mit der Trim-Away-Methode kann man ausgesuchte Proteine markieren und ihren schnellen Abbau durch das Proteasom einleiten.

Zellfreie Proteinsynthese

Methode: Die zellfreie Proteinsynthese kann man ohne Klonierungen und Transformationen durchführen.

Schneller Protein-Eintopf

Methode: Für ein optimiertes Verfahren zur zellfreien Proteinsynthese schmeißt man alle Zutaten in einen Pott. Das geht einfach und ist günstig.

Knock-Down-Etikett für Proteine

Methode: Mit der Kombination von GFP-Antikörpern und Degron-Systemen für die Proteolyse lassen sich gezielt Proteine in Zebrafischen deaktivieren.

Problemlösungen

Reste-Ranking optimiert Protein-Labelling

Methode: Viele wählen die Aminosäure-Reste für das Labeln von Proteinen nach Gefühl oder Trial-and-Error aus. Schneller und besser geht’s mit dem Labelizer.

Aufgemöbelter Klassiker

Methode: Der Biuret-Test ist kein wirklich sensitiver Protein-Assay – es sei denn, man ergänzt das Kupfersulfat des Biuret-Reagens mit dem Chelator Chromazurol B.

Raffiniert modifiziert

Methode: Split-Inteine sind ziemlich ungewöhnliche Proteine. Biologen können sie aber für das Labeln von Proteinen einsetzen.

Aufgemotzte Zellfabrik

Methode: Mit einem künstlichen Vesikelsystem schaffen es Bakterien, auch voluminöse, hydrophobe Molekül-Brocken aus ihrem Inneren herauszuschleusen.

Akustische Pinzette für Proteinkristalle

Trick: Das Bewegen von winzigen Proteinkristallen wird durch SSAW mittels stehenden akustischen Wellen präzise, kristallschonend und sicher.

TBS-Stammlösung ohne Feinjustieren des pH-Werts

Trick: Bei eine TBS-Stammlösung mit diesem Rezept hergestelt, muss man anschließend nicht mehr den pH einstellen. Der ist dann schon 7,5.

Unerwünschte Bindung von Peptiden an Reaktionsgefäße

Methode: Proteine adsorbieren unterschiedlich stark an Oberflächen, was zu unerwünschten und unkalkulierbaren Probenverlusten führt.

Partikel-basierte Peptidsynthese

Methode: Partikel-basierte Peptidsynthese anschaulich erklärt.

Renaturierung von Proteinen

Methode: Wenn Proteine denaturiert sind, kann ein Wiederbelebungsversuch mit der Renaturierungshilfe b-Cyclodextrin helfen.

Membranproteine solubilisieren

Methode: Membranproteine sind wählerisch wenn es darum geht, sie in Lösung zu bringen

Proteinsequenzierung

Methode: Das zentrale Problem beim Mikrosequenzieren sind blockierte N-terminale Enden

Biochemische Routinemethoden, Teil 2

Methode: Kleine Tricks für altbewährte Labormethoden (SDS-Gelelektrophorese, ELISA, FISH).

Wie man Proteine in Lösung bringt

Methode: Wie bekommt man in der Proteomforschung wirklich alle Proteine in Lösung? Vermeintlich „ideale Solubilisierungsbedingungen“ werden geprüft und bewertet.

Süße Kügelchen fürs Screening

Methode: Ein britisches Team entwickelte eine Wirkstoff-Screening-Strategie, bei der Membranproteine in kleinen Fettkugeln rekonstituiert werden, die wie winzige Raffaello-Pralinen aufgebaut sind.

Strom beschleunigt Gel-Färbung

Methode: Die Coomassie-Färbung von Protein-Banden ist zeitaufwendig und das verwendete Methanol giftig. Schneller und gesundheitsschonender geht es mit der elektrophoretischen Variante.

Fluoreszierende Lichterkette

Methode: Fluoreszenz-Proteine bleichen unter dem Mikroskop ziemlich schnell aus. Bündelt man sie zu einem Array-Tag, halten sie wesentlich länger durch.

Extra-Anhänger mit eingebauter Schnittstelle

Methode: Für die Aufreinigung werden Proteine meist mit kurzen Peptid-Tags versehen. Mit einem zusätzlichen SNAC-Tag kann man sie problemlos wieder entfernen.

Proteinanalytik

Wasserstoff-Deuterim-Austausch-Massenspektrometrie

Methode: Die HDX-Massenspektormetrie nutzt den Austausch von Wasserstoff gegen Deuterium an den Stickstoff-Atomen von Peptid -Bindungen,

Proteinbestimmung mit Farbfoto

Methode: Fotografiert man die Probenplatte beim Bradford-Assay mit der Handykamera, lassen sich die Proteinkonzentrationen per RGB-Bilddaten bestimmen.

Next Generation Protein Sequencing

Methode: Noch werden Proteine meist mit massenspektrometrischen Techniken oder dem Edman-Abbau sequenziert. Diese könnten jedoch bald

Computerbasierte Proteinstruktur-Vorhersage

Methode: Das Computerprogramm AlphaFold2 kann Proteinstrukturen sehr genau vorhersagen, benötigt dazu jedoch Sequenzvergleiche mit Proteinen

Wachstumsstopp verrät Proteinfunktion

Methode: Exprimiert man Proteine in E. coli, wachsen die Zellen manchmal nicht weiter. Man kann diesen toxischen Effekt aber zur Funktionsanalyse nutzen.

Festkörper-NMR

Methode: Funktionale Konformere eines Biomoleküls existieren manchmal nur für Mikrosekunden, tragen nur Zehntelprozente zu dessen Konformationsensemble bei in Lösung wie im Festkörper.

Strukturanalyse von Biomolekülen

Methode: Fluoreszenzfarbstoffe werden häufig mit Antikörpern konjugiert, um sie für Durchflusszytometrie oder Mikroskopie einsetzen zu können

NMR im Westentaschenformat

Methode: Die mikroNMR nutzt kleine Magnete und Mikrochips für die Steuerelektronik, um mit Nanomaterialien markierte Proteine oder andere Moleküle

Liquid Handling und Probenvorbereitung

Methode: Mit der SP3-Technik ist eine standardisierte und effektive Probenvorbereitung für die massenspektrometrie-basierte Proteomik möglich

Proteinbestimmung mit Kügelchen

Methode: Ein neuer Assay zur Protein-Quantifizierung ist nicht nur für den Hochdurchsatz geeignet – er ermöglicht auch die Normalisierung der Protein-Konzentration.

Proteinbestimmung mit Kügelchen

Methode: Ein neuer Assay zur Protein-Quantifizierung ist nicht nur für den Hochdurchsatz geeignet – er ermöglicht auch die Normalisierung der Protein-Konzentration.

Probenvorbereitung für die MS-basierte Proteomik

Methode: Die Analyse-Ergebnisse der Massenspektrometrie-basierten Proteomik hängen sehr stark von der richtigen Probenvorbereitung ab.

In-meso-Kristallisation

Methode: Mit der Ultra-swollen lipidic mesophas-Kristallisation gelingt auch die Kristallisation von Membranproteinen mit erhöhten Anteilen hydrophiler Domänen.

Bradford-Assay mit höherer Empfindlichkeit

Trick: Dieser modifizierte Bradford-Assay ist deutlich empfindlicher als kommerzielle Kits. Entscheidend ist die Einstellung des pH-Wertes

Raman-Spektroskopie

Methode: Für Biologen ist die Raman-Spektroskopie interessant, weil sie schnell und nicht-invasiv ist.

Aktivitätstest: Succinat-Dehydrogenase

Trick: Einfacher und Zuverlässiger Test der Succinat-Dehydrogenase-Aktivität, dem membranständigen Bindeglied zwischen Zitratzyklus und Atmungskette.

Gel Shift Assay mit gelabeltem Oligo

Trick: Gel Shift Oligos preiswert labeln mit einem dritten Oligo. An ein überhängendes 3´Ende wird ein gelabeltes universelles Oligo gehängt. Gut und billig.

Infrarot fluoreszierender Reporter

Trick: Mit dem infrarot fluoreszierenden Reporter-Protein kann man das Molekulargewicht des IFP-Fusionsproteins im denaturierenden Proteingel ermitteln.

Aktivitätsnachweise auf zellwandabbauende Enzyme

Methode: Wie kann man zellwandabbauende Enzyme bei der Arbeit beobachten.

Proteinkonzentrationen egalisieren

Methode: Righettis Methode der Hexapeptid-Egalisierung gründet auf der Idee, dass jedes Protein an irgendetwas bindet.

Alte Tests in neuem Licht

Methode: Neue Erkenntnisse zum Lowry-Test und zur Plasmid-Präparation.

Analytische Ultrazentrifugation - Molekulargewichtsbestimmung

Trick: Molekulargewichtsbestimmung von Membrabprotein-Komplexen durch Analytische Ultrazentrifugation. Die Glycosylierung der Proteine

Quantifizierung von SH-Gruppen

Methode: Mit diesen Tests lassen sowohl die freien SH-Gruppen als auch die Gesamtzahl der Cysteinreste eine Proteins bestimmen

2D-Gel-Bildanalyse mit Turbulenzen

Trick: Eine Software hat Turbulenzen in einem 2D-Gel entdeckt, die sonst keiner sieht. Ansonsten soll „Proteomweaver“ aber ganz ordentlich arbeiten.

ECL-Blots hausgemacht

Trick: Ein selbstgemachtes ECL-Detektionsreagenz ist billiger und zeigt auch noch weniger unspezifische Banden als ein gekauftes.

Maximale Größe von transgen exprimierten Proteinen

Trick: Welches Molekulargewicht hatte eigentlich das bisher größte Protein, welches in einem Fremdorganismus exprimiert wurde?

Proteine, Volumen und Cleavage-Sites

Trick: 1. Faustregel zur Berechnung Rauminhalte eines Proteins und 2. Kostenlose Software zum Finden von Protease-Schnittstelen.

Wad tun, wenn E280 fehtschlägt?

Trick: Peptidkonzentration messen: BCA-Assay, Bradford, Silberfärbung und Extinktionsmessung bei 214 nm können Alternativen zu 280 nm sein.

PAGE Färbezeit-Indikator

Trick: Vergleichbarkeit von silbergefärbten Banden bei der zweidimensionalen Elektrophorese: zwei äquilibrierte Streifengele mitlaufen lassen.

Protein-Grobbestimmung vor Western-Blots

Trick: Mittels einer Eichreihe mit BSA und Amidoschwarz können Sie mit 1 Mikroliter Proteinextrakt eine Grobbestimmung der Konzentration bekommen.

Gewicht durch Licht

Methode: Eine neue Methode misst die Masse kleiner Biomoleküle anhand der Lichtstreuung. Damit kann man sowohl Proteine detektieren als auch die Interaktion von Wirkstoffen mit Proteinen analysieren.

Zweifarbige Proteindetektion

Methode: Kristallviolett wird meist für die Gramfärbung von Bakterien eingesetzt, ist aber auch eine Alternative zur Coomassie-Färbung von Proteinen in SDS-PAGE-Gelen.

Signale

Proteine etikettieren mit Klick-Chemie

Methode: Moderne Proteinlabelling-Methoden basieren zumeist auf bioorthogonalen Klick-Chemie-Reaktionen sowie der Erweiterung des genetischen Codes

HaloTag-NAPPA

Methode: Proteinsynthese und gleichzeitige Fixierung direkt auf dem Microarray. So kann man durch Zugabe zu testender Interaktionspartner etwas über mögliche

Inteine: Die hohe Kunst des Spleißens

Methode: Inteine schneiden sich selbst aus Vorläufer-Proteinen heraus. Forscher nutzen dies zur Proteinreinigung und Analyse von Protein-Protein-Interaktionen.

Entfernungen zwischen Biomolekülen messen

Methode: FRET-Systeme dienen als molekulare Lineale, um Entfernungen zwischen Biomolekülen zu messen. Erfahren Sie, wie's funktioniert.

Molekulare Entfernungen und Wechselwirkungen messen

Methode: Mit Fluoreszenzfarbstoffen kann man Entfernungen zwischen Biomolekülen messen und molekulare Wechselwirkungen in Echtzeit verfolgen.

Untersuchung intrazellulärer Signalwege

Methode: Die geschilderte Caged-cAMP-Methode macht intrazelluläre Signalwege in vivo sichtbar. Mit Licht-Impulsen wird dabei die Membranleitfähigkeit gemessen.

Strukturanalyse

„Wir brauchen mehr Trainingsdaten“

Methode: David Baker gilt als einer der Pioniere des Proteindesigns. Wir sprachen mit ihm über Rosetta und Deep-Learning-Methoden wie RFdiffusion.

Schneller zum Proteinkristall

Methode: Wenn das Lieblings-Protein partout nicht kristallisieren will, könnte ihm ein starker Magnet auf die Sprünge helfen.

Der Mechanik von Proteinen auf der Spur

Methode: Das EF-X-Verfahren macht Konformationsänderungen und Bewegungen innerhalb von Proteinen sichtbar

Absolute Entfernungsmessung

Methode: Neu erarbeitete Kriterien für die Einzelmolekül-FRET ermöglichen präzise und miteinander vergleichbare Abstandsmessungen. Beste Voraussetzungen für eine verlässliche Strukturanalyse.